Los cursos de Posgrado de Alta Especialidad, son programas de uno o dos años, en donde se adquieren las destrezas Médico Quirúrgicas propias para un subespecialista en las diferentes áreas del conocimiento oftalmológico como son: Córnea, Enfermedades Externas y Cirugía Refractiva, Imagenología Ocular y Orbitaria, Órbita, Párpados y Vías Lagrimales, Retina y Vítreo, Microcirugía del Segmento Anterior del Ojo, Estrabismo, Glaucoma, Uveítis, Oftalmogenética, Imagen de Cabeza y Cuello. Estos cursos están afiliados a los Cursos de Posgrado de Alta Especialidad en Medicina de la UNAM. La finalidad es formar subespecialistas integrales para tratar padecimientos complejos tanto en el nivel Médico como Quirúrgico.